當有牙周病時，因為齒槽骨萎縮，牙齦就會跟著往骨頭的方向移動，最後造成牙縫變得很大，這時候清潔牙齒的方式就完全不同了。

這時候牙刷的位置要以牙齒、牙齦為主要的刷牙重點， 刷毛緊貼牙齒表面，且稍微伸入牙齦溝1釐米。牙周病病人最好使用“牙間刷”（一種專門用來清潔牙縫，有單束刷毛的牙具）來清潔牙縫，因為當牙齦萎縮時，牙縫靠近牙根位置的表面會凹陷，牙線或牙刷無法清潔到這些凹陷區域，清潔效果會大打折扣，所以牙周病病人清潔牙縫的唯一選擇就是牙間刷。

牙間刷的使用方式為：先將牙間刷從牙齦朝牙齒的方向斜著通過牙縫，確定沒有戳傷牙齦組織後，再往回拉，以清潔牙縫中牙齒與牙齦交界的牙齦溝。

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